วิธีการฆ่าเชื้อที่แตกต่างกันจะถูกเลือกโดยขึ้นอยู่กับประสิทธิภาพที่แตกต่างกันของเครื่องมือส่องกล้องและส่วนประกอบต่างๆ รวมถึงข้อมูลที่เกี่ยวข้องที่ได้รับจากผู้ผลิตเครื่องมือ ,
1. การฆ่าเชื้อด้วยไอน้ำแรงดันสูง: เครื่องมือผ่าตัดส่องกล้องทั้งหมดที่สามารถนึ่งฆ่าเชื้อได้ควรฆ่าเชื้อด้วยแรงดันสูง
2. เอทิลีนออกไซด์: เอทิลีนออกไซด์มีพลังในการฆ่าเชื้อสูง ฆ่าเชื้อได้อย่างกว้างขวาง ไม่สร้างความเสียหายให้กับสิ่งของ และมีพลังทะลุทะลวงที่แข็งแกร่ง ไม่เหมาะที่จะใช้ไอน้ำแรงดันสูงในการฆ่าเชื้อเลนส์ส่องกล้อง กล้อง ลำแสงแหล่งกำเนิดแสง ลวดไฟฟ้าแข็งตัวของเลือด ฯลฯ ทั้งหมดสามารถฆ่าเชื้อได้ด้วยวิธีนี้
3. การแช่กลูตาราลดีไฮด์ 2%: ใช้สำหรับการฆ่าเชื้อด้วยการแช่เครื่องมือส่องกล้อง ต้องแช่ไว้ 10 ชั่วโมง ในระหว่างการแช่ จะต้องเปิดข้อต่อของอุปกรณ์ และต้องเติมของเหลวแช่ในช่องลูเมน ต้องล้างสารละลายยาที่เหลือซ้ำ ๆ ด้วยน้ำหมันก่อนใช้
4. การฆ่าเชื้อด้วยเครื่องฆ่าเชื้อทางการแพทย์
