การฆ่าเชื้อเครื่องมือแพทย์ที่ใช้ในการผ่าตัดมี 2 วิธี ได้แก่ การฆ่าเชื้อด้วยอุณหภูมิสูงและการฆ่าเชื้อด้วยอุณหภูมิต่ำ
1. วิธีการฆ่าเชื้อด้วยอุณหภูมิสูงคือการใช้ความร้อนสูงเพื่อทำลายโปรตีนของจุลินทรีย์เพื่อให้บรรลุวัตถุประสงค์ในการฆ่าเชื้อแบคทีเรีย เป็นที่นิยมใช้กันอย่างแพร่หลายในทางคลินิก และมักใช้การฆ่าเชื้อด้วยไอน้ำความดัน ซึ่งเหมาะสำหรับเครื่องมือและสิ่งของที่สามารถทนต่อความชื้นและความร้อนสูงได้ นอกจากนี้ยังมีการฆ่าเชื้อด้วยไอน้ำแฟลชซึ่งสามารถใช้กับเครื่องมือและสิ่งของเปล่าได้
ประการที่สอง การฆ่าเชื้อที่อุณหภูมิต่ำ มักใช้การฆ่าเชื้อด้วยเอทิลีนออกไซด์ การใช้งานทางคลินิกมากที่สุด ข้อดีคือ ไม่ทำให้สิ่งของที่ผ่านการฆ่าเชื้อเสียหาย มีพลังทะลุทะลวงสูง และมีฤทธิ์ในการฆ่าเชื้อจุลินทรีย์ได้ดี การฆ่าเชื้อด้วยไอน้ำฟอร์มาลดีไฮด์ที่อุณหภูมิต่ำสามารถใช้กับอุปกรณ์ทางการแพทย์ที่ไม่สามารถทนต่ออุณหภูมิสูงได้
